2007年5月，在深圳市的支持下，香港中文大学在深圳设立香港中文大学深圳研究院（简称“深研院”）。深研院主体大楼坐落于深圳虚拟大学园国家大学科技园内，于2011年11月落成并投入使用。大楼建筑面积约2.5万平方米，地上建筑9层，设有大型演讲厅、培训课室、科研实验区及培育中小企业工作区等不同的应用区域，为科学研究，人才培训、产业合作及技术转移等提供场地和设施。
结合国家科技发展规划与深圳市科技发展需求，深研院重点推动生物医药、信息科技及可持续发展等领域的科研发展。目前，香港中文大学深圳研究院已建立4个国家重点实验室的深圳基地，包括消化疾病研究国家重点实验室深圳研究基地、肿瘤生物学国家重点实验室深圳研究基地、农业生物技术国家重点实验室深圳基地、再生医学教育部重点实验室深圳基地，另有4个深圳市重点实验室及3个深圳市工程实验室。经过数年悉心发展，深研院的科研实力获得了国家的认可，作为国家、省市项目的依托单位，已承担各级科研项目500余项。此外，深研院积极推动产学研合作，重视横向项目的合作与发展，利用优秀的研究平台和研究资源，吸引科研项目落地，并通过与外部机构合作，在促进科研产业化的同时进一步提升科研水平。

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